为了防治虫害，果农在果树开花到结果期间都要喷洒大量农药。农药一旦残留在水果表面就很难去除，三唑类、二氧化硫等还具有致癌性和致过敏性。在苹果、李子、杏和梨等结果时喷洒农药，农药会浸透果皮并残留在果皮中，致使果皮中的农药残留量比果肉中高许多。
现在使用较多的植物保护剂是波尔多液，它是用硫酸铜和石灰乳配制成的悬浊液，成本低廉，而杀虫效果却非常好。波尔多液的配制简单，但是掌握好硫酸铜和石灰的比例却很难。如果波尔多液中硫酸铜的含量过高，防治害虫的效果虽提高了，但药性过强，水果表面会留下蓝色的斑点；如果石灰乳的含量过多，虽使药效持久，但防治效果降低，水果表面还会留下白色的石灰斑点。如果不清除干净这些蓝蓝白白的小斑点，将它们吃进体内，容易引起腹痛、腹泻等中毒症状。
吃水果前最好采取以下几种方法去掉农药残留：
清水冲洗法苹果、梨、杏、李子等体积较大且表皮光滑的水果，先在清水中洗净，然后在沸水中烫半分钟左右。
盐水消毒法葡萄、杨梅等体积较小且容易洗破的水果，用清水洗净后，置盐水中浸泡20分钟左右，再用清水冲洗干净。
高锰酸钾液浸洗法用0.1—0.2%的高锰酸钾溶液浸泡水果5分
钟至10分钟，取出后再用流水冲洗干净。
漂白粉消毒法用0.2%的漂白粉液浸泡水果5分钟后，再用清水冲
洗。
削皮法水果表皮“雀斑”过多的时候，应直接削皮，并且将果皮稍微削厚一些，去除残留的农药效果会更好。
要放入冰箱冷藏的水果可先不清洗，只要用塑料袋或纸袋装好，防止果实的水分过度蒸发，并可在袋上扎几个小孔，保持透气，以免水汽积聚，造成水果腐坏。
